Artigo publicado

Um dos trabalhos de pesquisa sob minha coordenação foi publicado na revista Chemical Biology & Drug Design.

A referência vai abaixo:

de Paula, F. T., Frauches, P. Q., Pedebos, C., Berger, M., Gnoatto, S. C. B., Gossmann, G., Verli, H., Guimarães, J. A. and Graebin, C. S. (2013), Improving the Thrombin Inhibitory Activity of Glycyrrhizin, a Triterpenic Saponin, Through a Molecular Simplification of the Carbohydrate Moiety. Chemical Biology & Drug Design, 82: 756–760. doi: 10.1111/cbdd.12204

LaTeX, parte 6: {chemcompounds}

Nota importante: este é um post de uma série sobre o sistema de preparação de textos LaTeX. Veja o primeiro post da série caso queira ver tudo desde o início. Ou Use o tag LaTeX para procurar os textos dessa série.

 

Além do {mhchem}, quais outros pacotes podem ser de bom uso para a área de Química? Aqui faço uma pequena citação de alguns:

1) Chemcompounds: permite que se gerencie de modo independente os compostos químicos citados em um texto. Isso é bem interessante em artigos ou teses, quando você tem um número grande de compostos a citar.

Por exemplo: “a síntese inicia com o ácido 1, que é convertido ao éster etílico 2 a partir de uma Esterificação de Fisher”…

Se o orientador sugerir que se insira um composto 2 no meio da frase, algo como:

“a síntese inicia com o ácido 1, que é reagido com etanol 2 a partir uma Esterificação de Fisher levando ao éster 3“…

Isso significa que, caso hajam mais 90 compostos no manuscrito, todos tem que ser remunerados à mão. (Fiz isso MUITAS vezes enquanto escrevia minha tese de doutorado).

Deixe o LaTeX fazer isso para você! (Veja o manual do pacote para mais detalhes)

Por exemplo, o código a seguir:

 

Deve gerar algo assim como resultado:

exemplo-compounds1

 

LaTeX, parte 5: equações químicas com {mhchem}

Nota importante: este é um post de uma série sobre o sistema de preparação de textos LaTeX. Veja o primeiro post da série caso queira ver tudo desde o início. Ou Use o tag LaTeX para procurar os textos dessa série.

Até agora tenho discutido o uso do LaTeX de modo mais genérico, focando na estrutura de um texto e não tanto em usos avançados.

Uma coisa importante de se ressaltar é que o sistema de preparação de textos TeX foi criado por um matemático e cientista da computação chamado Donald Knuth para resolver um problema dele: a primeira edição feita por meios digitais do clássico The Art of Computer Programming era muito ruim, e ele resolveu arregaçar as mangas e resolver o problema por conta própria. E o foco dele era, óbvio, equações matemáticas.

Tanto que, em cursos de física e matemática, muitos dos professores que conheço trabalham apenas com TeX ou LaTeX para seus textos.

E a química, como fica? Bem, essa é uma das grandes vantagens do TeX. Se o TeX não faz diretamente o que você quer, você pode escrever um pacote e expandir as capacidades do TeX. Foi assim que se adicionou suporte a Unicode {utf8}, suporte à inserção de gráficos {graphicx}, suporte ao desenho de diagramas {tikz}, suporte a hyperlinks {hyperrref}, adaptações dos títulos dos documentos para uma linguagem em particular {babel}, …

E existe um bom número de pacotes para Química disponíveis nos repositórios. O que falarei hoje, rapidamente, é o mhchem.

Eu realmente recomendo a leitura do manual do pacote mhchem para mais informações sobre as capacidades do pacote, mas vou deixar o exemplo abaixo como amostra.

Resultado (pdftex): exemplo-mhchem (AVISO: o visualizador interno de PDFs do Google Chrome não exibe direito esse arquivo. Use o Adobe Reader ou o Foxit Reader para uma exibição de melhor qualidade).

Uma crítica: a cobertura da imprensa no Brasil ao prêmio Nobel de Química

A Real Academia Sueca de Ciências divulgou na última quarta feira os agraciados com o Prêmio Nobel de Química em 2013. O prêmio foi dado conjuntamente a três cientistas (Karplus, Levitt e Washel), pelo “desenvolvimento de modelos de computadores usados para compreender e prever os processos químicos”.

Eu, que estava em trânsito para uma consulta médica, estava acompanhando tudo a partir da conta oficial dos prêmios Nobel no Twitter. Mas, como sou assinante também da conta no Twitter de vários jornais brasileiros, fui vendo também a reação de cada órgão da imprensa nacional em relação ao prêmio.

O resultado: de moderado a decepcionante, salvo uma exceção.

Primeiro, vamos às manchetes.

UOL Ciência: Químicos que criaram programas que espelham a vida real ganham Nobel

G1: Trio leva Nobel de Química de 2013 por modelos de sistemas complexos

Reuters Brasil: Três norte-americanos conquistam o Nobel de química

Carta Capital: Trio que simulou a vida real leva o Nobel de Química

O Globo: Pioneiros das pesquisas complexas com computador ganham Nobel de Química de 2013

Estado de São Paulo: Karplus, Levitt e Warshel vencem Nobel de Química

Folha de S. Paulo: Trio leva Nobel por criar programas de computador que preveem reações químicas

 

Primeira pergunta que eu faço ao ler essas manchetes: alguém ganha, vence ou recebe o prêmio Nobel? Levando-se em conta a descrição do próprio website dos prêmios Nobel, há um processo de indicação, avaliação e seleção daqueles que receberão o prêmio. Na minha opinião o mais correto seria dizer ‘Nobel de Química agracia três pesquisadores’ ou ‘Três pesquisadores são selecionados para receber o Prêmio Nobel de Química em 2013′. Não é uma competição no sentido em que o próprio candidato não se indica ou se inscreve para o prêmio.

Agora vamos a uma descrição mais detalhada das matérias dos jornais e websites.

Vacilaram: Carta Capital, Reuters e UOL. Primeiro: ‘programas que simulam a vida real‘ (Carta Capital e UOL Ciência) é uma tentativa muito ruim de se tentar traduzir para o leitor brasileiro a essência do trabalho dos três pesquisadores. Se eu não fosse um professor de Química Orgânica, poderia achar que  os três ganharam um prêmio por terem criado os jogos SimCity ou The Sims. A Reuters, por outro lado, errou a nacionalidade dos pesquisadores. Eles trabalham nos EUA, mas nasceram na Áustria (Karplus), Inglaterra (Levitt) e Israel (Washel).

Na média: G1, Folha e Estadão. A matéria dos três é, em resumo, uma tradução do press anouncement do site dos Prêmios Nobel.

Bem acima da média: dou um bom ponto positivo para a matéria d’O Globo. Pesou muito a favor o fato de que eles consultaram um pesquisador brasileiro da área, o Professor Jerson Lima e Silva, bioquímico e coordenador do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Biologia Estrutural e Bioimagem da UFRJ e diretor científico da Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Ciência do Estado do Rio de Janeiro (Faperj), o que colocou o conteúdo do texto bem além da simples tradução (abordagem escolhida pelo G1, Folha e Estadão), além de ajudar a compreender a importância do trabalho dos três pesquisadores para a Química.

Re-post: atualizando a literatura científica a partir de e-alerts

Nota: esse post foi publicado originalmente no blog do Laboratório (http://www.ladmolqm.com.br/blog/2013/10/atualizando-a-leitura-cientifica-a-partir-de-e-alerts/). Como o post é de minha autoria e entra no contexto deste blog também, estou republicando o mesmo aqui.

Uma das tarefas mais importantes de quem segue a carreira de pesquisador está em manter-se atualizado com o que se publica em revistas científicas ao redor do mundo. E isso não é uma tarefa nada fácil, dependendo da área em que há a necessidade de se manter atualizado. E não sou o único a escrever isso: (veja por exemplo o blog The Sceptical Chymist, pertencente à Nature Chemistry; ou então o que Daniel Wessel tem a dizer sobre o assunto).

Ambos mencionam o uso de leitores de feeds RSS para fazer a tarefa. Eu, pessoalmente, prefiro receber os alertas por e-mail. Muitas e muitas editoras e revistas científicas permitem o cadastro de um e-mail para notificações sobre novas edições de revistas, ou então de novos artigos aceitos para publicação.

Como fazer, então, para cadastrar-se nesses e-alerts? Abaixo dou algumas dicas.

 

ACS (American Chemical Society)

O procedimento no website da American Chemical Society (ACS para encurtar) é simples.

1. Primeiro é necessário entrar no website da ACS criar um login (chamado de ACS ID). Basta entrar em http://www.acs.org/ e cliquem em ‘register’.
2. Após criarem esse ID, basta fazer o login em http://pubs.acs.org/, clicar em ‘My Profile’, ‘Email Alerts’ e escolher as revistas das quais querem receber alertas. É possível escolher entre alertas de artigos aceitos e alertas de novas edições. Eu prefiro a primeira opção pois os artigos estão recém-aceitos.
3. No contexto da Química Medicinal e Orgânica, recomendo as seguintes revistas:

  • Journal of Medicinal Chemistry;
  • ACS Medicinal Chemistry Letters;
  • ACS Combinatorial Science;
  • Journal of Organic Chemistry;
  • Organic Letters;
  • Chemical Reviews;
  • Accounts of Chemical Research;
  • Organic Process Research & Development

 

Elsevier/SciVerse Science Direct

B. Cadastro nos sites da Elsevier
1. Entre em http://www.sciencedirect.com/
2. Clique em ‘My Alerts’
3. O sistema pedirá para dar nome de usuário/senha ou para criar uma nova conta (o que será provavelmente o caso).
4. Depois, basta usar o link ‘add/delete journal and book-series alerts’ e escolher as revistas
5. Minhas recomendações:

  • Tetrahedron (e Tet. Letters)
  • Bioorganic & Medicinal Chemistry (e Bioorg. Med. Chem. Letters)
  • Drug Discovery Today
  • European Journal of Medicinal Chemistry
  • Bioorganic Chemistry

 

C. Wiley Interscience

1. Entre em http://onlinelibrary.wiley.com/user-registration
2. Após o cadastro, faça o login
3. O sistema da Wiley é mais complexo.É preciso acessar o site de cada revista (com o login ativo) e marcar ela para receber o alerta. Use o link http://onlinelibrary.wiley.com/browse/subjects para facilitar a busca.
4. Em cada revista que houver o interesse, basta clicar no link ‘Get New Content Alerts’ dentro da aba ‘Journal Tools’ (normalmente no canto superior esquerdo de cada página.
5. Minhas recomendações:

  • ChemMedChem
  • Medicinal Research Reviews
  • Chemical Biology & Drug Design
  • Eur. Journal of Organic Chemistry
  • Heterocyclic Chemistry
  • Heteroatom Chemistry
  • Angewandte Chemie International Edition

LaTeX, parte 1: ?

Já faz um bom tempo (acho que desde 2007) que trabalho de vez em quando com um sistema de preparação de documentos chamado LaTeX.

Veja bem que não falo em um processador de texto (quer dizer: softwares onde você observa visualmente o que se quer obter como resultado do texto digitado, como o MS Office Word ou o LibreOffice/OpenOffice; a sigla em inglês para essa categoria de softwares é WYSIWYG ou What You See Is What You Get). E sim em preparação de texto.

Em minha opinião essa é a primeira e grande vantagem do LaTeX sobre processadores de texto: a única coisa com a qual você se importa é com a qualidade do texto que está sendo escrito. O LaTeX prepara o texto digitado para formatação e coloca tudo nas normas que você definir. Em outras palavras podemos dizer que com softwares como o Word você desenha o texto; pensando o tempo inteiro em margens, fontes, estilos tipográficos, espaçamentos entre linhas, em vez de se preocupar com o que deveria ser o principal em um manuscrito: o conteúdo.

Até por causa disso o LaTeX mostra todo o seu potencial em textos de tamanho médio a grande (relatórios, teses, dissertações, livros, trabalhos de conclusão, monografias, etc). Em geral, para textos de uma página o Word acaba tornando-se mais cômodo.

Para dois exemplos: uma tese de mestrado e uma galeria de bons exemplos feitos com TeX, LaTeX e outros sistemas amigos.

Mas então, você pode me perguntar, no que consiste um documento escrito em LaTeX?

Em algo mais ou menos assim:

 

O resultado pode ser visto aqui: exemplo1 (formato PDF)

Explicando o documento de modo simples:

As linhas 1-14 do documento são o preâmbulo do mesmo. Nele nós declaramos alguns parâmetros (mesmo que você não saiba LaTeX fica óbvio de entender o que a4paper12pt estão fazendo com o documento) e também pacotes adicionais que serão necessários para que o LaTeX processe informação para o qual não foi preparado originalmente (como por exemplo caracteres em Unicode UTF-8 e também a termos em português brasileiro).

Também está declarado que o documento está usando a classe article (como se fosse um artigo científico). LaTeX tem outras classes pré-configuradas, como book, letter, report, entre outras. Outras classes personalizadas existem à disposição na internet (como a super-poderosa memoir, uma das melhores para se escrever documentos longos; ou abntex, para manter um documento nas “normas” da ABNT). Você pode inclusive criar sua própria classe, mas veremos isso com mais calma adiante.

Uma outra informação: as linhas que começam com % são comentários no código. Tudo o que está como comentário não é processado pelo LaTeX na hora de compilar o texto. (Depois veremos isso com calma, mas sempre é bom manter o código com comentários!)

As linhas 15-19 são o documento propriamente dito. É o que vai declarado aqui (capítulos, seções, partes, textos, tabelas, figuras, etc) que é o que vai ser incluido no documento que você pode ver no arquivo PDF. Inclusive nós definimos uma seção a partir do comando /section na linha 16.

E onde foi que nós formatamos o tamanho da fonte do título em Introdução? Onde nós colocamos o número 1 que aparece na frente de Introdução? E o número de página? A resposta é bem simples: nós não fizemos nada. O LaTeX preparou o texto a partir das ordens que demos e fez o resto. E aqui repito o que escrevi antes: o LaTeX tem em uma de suas grandes vantagens esse condicionamento em forçar a pessoa a escrever o texto primeiro e depois ajustar a formatação se for necessário.

Nós próximos textos dessa série vou dissecar mais um pouco o LaTeX e tudo o que ele pode fazer. Use o tag LaTeX para procurar os textos dessa série.

EDIT (1/Oct/2013): informações sobre comentários e a classe article.

E com vocês: Bismuto!

Via Rob Delaney em seu Tumblr:

Bismuto metálico

http://limitlesscorrosion.tumblr.com/post/55595832575/221b-bacon-street-tibets-this-is-a-naturally

This is a pure bismuth crystal. The heaviest element that is not radioactive (ok technically it is but it’s half life is like 9 orders of magnitude older than the universe so it really doesn’t count.) Probably my favourite crystal structure, even if you forget the colour. Surprisingly, bismuth is also super-not-toxic. You can actually eat the stuff and it’s often in indigestion remedies. Fascinating element, all round.

 

Tradução: Este é um cristal puro de Bismuto. O elemento mais pesado que não é radioativo (ok, tecnicamente ele é mas sua meia-vida é cerca de 9 vezes maior que a idade conhecida do universo, então realmente não conta). Provavelmente minha estrutura cristalina favorita, mesmo sem levar a cor em conta. E, de modo surpreendedor, Bismuto não é tóxico. Você pode comer o metal, e ele é encontrado seguidamente em remédios para indigestão. Elemento fascinante.